A씨는 2018년 6월 주택 한 채(이하 쟁점주택)를 취득했고, 이듬해 그의 아내는 같은 시(市) 내에 2채의 주택을 샀다. A씨 아내는 2021년 1월에 이 중 한 채를 팔았다. A씨도 같은 해 11월 쟁점주택을 팔았고, '일시적 2주택 비과세' 대상이라고 판단해 양도소득세를 신고했다. 그러나 국세청(처분청)은 이를 부인하면서 A씨에게 "세금을 납부하라"고 경정·고지했다. 이러한 과세처분에 A씨는 불복했다.

A씨의 주장에 따르면 과세관청은 3주택을 보유 중인 1세대가 1주택을 양도하고 남은 일시적 2주택 중 종전주택을 양도했을 때, '해당 주택의 비과세 보유 기간은 당해 주택의 취득일로부터 기산한다'는 기획재정부의 유권해석을 적용해 왔다. 유권해석이 나온 날은 2020년 2월 18일이다.

2021년 9월 쟁점주택에 대한 매매계약을 체결할 당시 유권해석은 '3주택을 보유한 1세대가 1주택을 양도하고 2주택이 된 후, 일시적 2주택 특례에 따라 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 보유 기간 기산일은 그 주택의 취득일'이었다고 한다. 이 기준대로라면 쟁점주택은 2년 이상 보유한 주택이기에 비과세를 받을 수 있었다.

그러나 2021년 11월에 기재부의 유권해석은 바뀌었다. 쟁점주택에 대한 잔금청산일(2021년 11월 25일) 이전인 11월 2일 기준 일시적 2주택자의 양도소득세 비과세 보유날짜를 기산할 때, 해당 주택의 취득일에서 직전 주택의 양도일로 변경한 것이었다. 이를 근거로 국세청은 쟁점주택의 보유 기간을 2년 미만으로 봤다.

A씨는 "과세관청의 공적인 견해표명을 신뢰했고 그것에 대해 아무런 귀책사유가 없고, 더욱이 과세관청은 기재부의 해석에 따른 유권해석(2021년 6월 30일)을 2021년 12월에 삭제했다"며 "결과적으로 쟁점주택 양도일에 기존 해석과 새로운 해석이 동시에 존재하고 있으므로, 2021년 12월까지는 기존 해석이 적용되어야 한다"고 주장했다.

반면 처분청은 "기재부에서 2021년 11월 2일 새로운 유권해석을 발표하면서 그해 11월 2일 이후 양도분부터 적용한다고 했다"며 "그 이후에 양도된 쟁점주택에 대해서는 새로운 유권해석이 적용되어야 한다"고 맞섰다.

조세심판원의 판단도 처분청과 다르지 않았다(기각). 심판원은 결정문을 통해 "쟁점주택의 납세의무 성립시점(2021년 11월 25일)에는 종전과 다른 유권해석이 존재하고, 이에 의하면 쟁점주택은 2년 미만 보유주택으로 과세대상에 해당한다"며 "설령 A씨가 종전의 유권해석을 신뢰했다고 하더라도 이는 단순한 기대이익에 불과한 점 등에 비추어 볼 때, A씨의 주장은 받아들이기 어렵다"고 했다.

[참고심판례: 조심2022중6777]

참조 : 조세일보 2023.03.04.