배우자 등 특수관계인 거래를 통하여 싸게 취득한 토지의 양도가액이 증가해 양도소득세 부담을 지게 되더라도 법인의 법인세 부담과는 별개인 것으로 환급 대상은 아니라는 감사원 결정이 내려졌다.

아내와 각각 주식 50%를 소유한 법인 A를 운영 중인 김 씨는 `17년 4월 특수관계인인 배우자와 처제, 동서 등 토지양도인으로부터 지방 광역시 소재 토지를 약 15억 원에 취득하고 12월(계약일 5월) 지역주택조합에 이를 약 68억 원에 양도한 후 `18년 3월 법인세를 신고·납부했다.

처분청은 토지양도인 등이 토지를 양도한 4월 당시 시가는 15억 원이 아닌 68억 원이었다며 이들이 특수관계인인 A 법인에 시가보다 낮은 가격으로 토지를 양도한 것으로 판단하고, ‘양도소득세 부당행위계산부인 규정’을 적용해 처제와 동서 등 지분을 김 씨가 명의신탁한 것으로 보고 김 씨와 그의 배우자에게 양도소득세 36억 원을 경정·고지했다.

김 씨와 그의 아내는 처분청 결정에 반발해 토지 시가(68억 원)가 정상적인 교환가치가 아니라면서 행정소송을 제기했고, `22년 9월 대법원은 4월 당시 시가가 거래가액인 68억 원이라고 판결했다.

대법원 확정판결 이후 `22년 12월 A 법인은 과세표준 산정 시 토지 취득가액이 68억 원으로 경정돼야 하고, 처분청에 과다납부한 `17 사업연도 법인세 약 17.5억 원을 환급해 달라는 경정청구를 제기하게 된다.

그러나 처분청은 법원에서 양도소득세 부당행위계산부인 규정에 따른 저가양도에 해당한다는 판결이 있다고 해 김 씨와 배우자, A 법인 간 거래와(내용) 법률적 효과 등 변경이 있던 것은 아니라고 반박했다. 또 김 씨와 배우자 소득금액 증가분을 A 법인 소득금액에서 차감하도록 하는 규정도 ‘법인세법’상 규정되지 않았다며 경정청구를 거부했다.

이에 김 씨는 “법원이 자신과 아내에게 양도소득세 부당행위계산부인 규정을 적용해 토지 양도가액을 68억 원으로 보고 양도소득세를 과세하는 것으로 확정했다”며 “이는 후발적 경정청구 사유에 해당한다”고 주장했다.

특히 “A 법인 토지 취득가액을 당초 15억 원에서 68억 원으로 증액해야 한다”며 “A 법인이 과다납부한 법인세 역시 환급하는 것이 타당하기에 처분청이 법인세 경정청구를 거부한 것은 부당하다”고 강조했다.

반면 처분청은 “토지 양도가액 증가에 따른 양도소득세 부담과 A 법인 법인세 부담은 별개인 것”이라며 “김 씨와 배우자에게 한 양도소득세 부과처분이 법원 판결로 확정됐더라도 김 씨와 법인 간 토지 거래내용, 법률적 효과 등은 변경되지 않아 이 사건 거부처분은 정당하다”고 반박했다.

특수관계인으로부터 토지를 저가로 취득한 때 법인세 과세표준 산정 시 토지 취득가액을 시가로 경정할 수 있는지를 두고 양측이 맞붙은 가운데 감사원은 A 법인이 경정청구 대상에 대한 법리를 오해한 것 같다며 처분청 손을 들어줬다.

감사원은 “특수관계인인 김 씨와 배우자 등이 토지를 A 법인에 저가로 양도한 데 대해 처분청은 양도소득세 부인행위계산부인 규정에 따라 실제 양도가액을 부인하고 시가를 양도가액으로 하여 양도차익을 다시 계산해 정당한 조세부담을 지우는 것일 뿐 매매계약 자체를 변경한 것은 아니다”라고 밝혔다.

또 “A 법인이 김 씨와 배우자로부터 토지를 저가로 매입했고, 이러한 저가 매입으로 A 법인이 김 씨와 배우자로부터 분여받은 이익 약 53억 원(시가 68억 원-취득가액 15억 원)에 대해 취득 단계에서는 법인세가 과세되지 않고 양도할 때 법인세가 과세됐다”고 설명했다.

아울러 “A 법인은 대법원판결에 따라 토지 취득가액이 증액된 것이므로 후발적 경정청구 사유에 해당한다는 주장이나 현행 국세기본법 제45조의2 제1항 및 제2항에 따르면 경정청구는 법인신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고해야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 제기할 수 있는 것”이라고 덧붙였다.

감사원은 “이러한 점 등을 고려할 때 A 법인은 이에 해당하지 않는다”며 “A 법인은 경정청구 대상에 대한 법리를 오해한 것으로 보이는바 이 사건 거부처분은 정당하며 감사원법 제46조 제2항에 따라 이를(심사청구) 기각한다”고 밝혔다. (2023-심사-324)

출처 : 세정일보 [세정일보] 세정일보(https://www.sejungilbo.com)